机动战士高达SEED的系列作再开这次除了我们大家熟习的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大批新角色的退场而故事也将演化的更为复杂，抵触加剧，战争晋级。 　　C.E.70年2月，“血染情人节”事情的辐射效应还在地球结合军和ZAFT中延续着。二者发起了数次统一，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球结合军居然不顾条约发起了对中立国度奥布结合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失掉了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个牵肠挂肚的伟大少年，决议参与ZAFT。参与ZAFT，飞鸟遇到了许多迂回和坎坷，也看到了兽性的严酷和无法，最严峻的状况是自己内心不时掩盖着家人离去的阴影。飞鸟的生长在ZAFT正式末尾。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？