曾几何时，微妙生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅漂泊在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年不曾遭遇奇居子，不过他们从未抓紧警觉，培育了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天，寓居在地下的青年谷风长道（逢坂良太配音）迫于饥饿爬到空中，偷米后被人抓住，后在舰长（大原沙耶香配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生，在这里他见到了有过一面之缘的严酷女孩星白闲（洲崎绫配音）、友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏配音）等人。未几，少年们外出执行采集义务，甚至却遭遇百年不见的奇居子。寂静已久的宇宙战争再度拉开帷幕……本片依据贰瓶勉的漫画原作改