自那之后，曾经过去了5年。5年前的雨神作战并没有将Amazon事态彻停息，而是迎来了意想不到的新局面。普通人毫无预兆地Amazon化的现象在继续扩展，政府政府组成了新组织“4C”，秘密暗杀Amazon化的人们，计划隐藏真相。被剧烈的吃人激动所折磨,与他人坚持的距离的“被作为Amazon培育”的少年千翼,假面骑士亚马逊?新。在他的面前，出现了一位可以变身为乌鸦Amazon的少女?优。优用骇人的战役力打倒了其他Amazon。目击到优的千翼遭到了冲击——优是他第一次没有发生吃人激动的作为“人”的对象，千翼第一次有了想要接近的人。但是，千翼所不知道的是，优是被Amazon化的父亲杀死后,作为以前的Sigma类型复生的生物兵器。。。