位于东京西部的庞大“学园都市”在总人口达230万人，其中约8成是先生的这座都市中，实施着超才干开发的特殊课程，先生们的才干被给予从“无能力Level 0”到“超才干Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的先生之一。他由于隐藏在右手中的力气——只需是异能之力，就连神的加护都能消弭的“梦想杀手Imagine Breaker”，而被评价为首屈一指的“无能力”，过着充溢不幸的人生。而上条的先生生活，由于暑假末尾时突如其来的纯白修女而发作了庞大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇末尾，上条就被卷入了各种各样的事情中。统率学园都市的“迷信”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地处置双方事情的进程中，他的人际关系也逐渐扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于留意到上条的存在……。似乎照应魔法方普通，迷信方的学园都市也有所举措。但也有与逐渐末尾统一的世界意向抗争的人不时出现。那些经过与上条有所关联，而使命运大为改动的“英雄”们。他们自告奋勇与世界对峙。似乎上条当麻做过的那样。迷信与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！