新支线超退化研讨所为了从降生于“乌黑新支线”的庞大怪物体手中守护日本的未来， 
　　人们开发了“新支线变形机器人SHINKALION”。 
　　具有与SHINKALION较高适宜率的孩子们成为驾驶员 
　　与研讨所员齐心协力，面对弱小的朋友！ 
　　终究“乌黑新支线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 
　　变身！SHINKALION！