长江三峡，考古学家掘出庞然巨物，手工奇劣，一看竟是麦子仲肥又一废物出土！麦子，名兜，字仲肥，是我国一位吃饱撑的思想家、发明家合理大家不知如何处置这大而无当之物，一位疑心是麦子十八代先人的小冤家，麦兜（郭君彦/张正中 配音），正与妈妈麦太（吴君如/宋丹丹 配音）一同在香港发愣。 

麦兜很慢，很乖，很钝，被评定为多元低智能。麦太也好不了多少，半辈子乱冲乱扑，却都在扑空。为了自己，为了麦兜，麦太决议带麦兜来内地闯天下。到了武汉，麦太忍痛先把麦兜送到山上一武术学校“太乙春花门”寄宿。山上生活贫困，掌门道长（黄秋生/张立昆 配音）天真烂漫。麦兜无意习武，最大的乐趣是跟小同窗偷入炼丹房煮方便面；值得庆幸的是，麦兜的身边还有一位可亲的助教“熊宝弟弟”，不时照顾麦兜。 

“世界幼儿园武术大赛”行将举行，“太乙春花门”小冤家软手软脚，看来只要挨揍的份儿。“国际幼儿园武术大赛”，麦兜迎战各地好打小冤家。这时，麦兜祖宗麦仲肥的巨物突然当、当、当的响起。原来这是个一年等于一秒，每三千六百年才报一次时的大钟…大成若缺，大器晚成。麦兜突然领悟出太极拳，以致自己生命的道理……