面积占东京都西部1/3、人口逾越230万、八成以上由先生组成的学园都市，尖端科技展开迅速，超才干开发曾经深化到城市的各个角落超才干水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等好友过着伟大的日子，间或热血迸发挫败各种扰乱城市的阴谋某天，在调查一同现今卡事情时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音），从而得知用美琴的DNA大批量复制超才干者的“量产型才干者方案”。不安宁的气氛在都市角落肆意蔓延……本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。