自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来央求他们的协助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子奥秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（BillyConnolly饰）宣称看到了立功画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰厚阅历的穆德和斯科莉协助调查。但是随着调查的深化，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远超出他们的想象。这对协作多年的伙伴面临着庞大的考验……